Прошло два года с тех пор, как команда супербойцов под предводительством Клауда Страйфа спасла мир от кошмарного злодея Сефирота. Настал мир, и могучий Клауд удалился от дел, поселившись в сиротском приюте, чтобы среди детей забыть о кровавых битвах прошлого.
Но покой герою только снится: жителей планеты начинает поражать странная болезнь, а в окрестностях появляется таинственный незнакомец по имени Капай, явно замышляющий дурное. И его недобрые планы как-то связаны с беззащитными сиротами. Поняв, что в мире вновь пробудилось зло, Клауд вновь берет в руки оружие, чтобы защитить мир Последней Фантазии от новой угрозы…