Пришельцы решили совершить массированный налет на мирный и благополучный Ретровилль! В то время, как Джимми развлекался в луна-парке со своими друзьями, инопланетяне обрушились с небес, похитив при этом родителей всех детишек!
Жизнь без строгих пап и мам, поначалу казавшаяся раем, стала совершенно невыносимой и тоскливой. Отважный Джимми Нейтрон решает спасти любимых родителей из инопланетного плена! Вместе со своей верной собакой-киборгом мальчик-гений создает эскадру космических кораблей, на которой он, вместе с осиротевшими ребятишками Ретровилля, отправится в межгалактический поход освобождать родителей!